روزنامه جمهوری اسلامی به نقد سخنان اخیر آیت الله مصباح یزدی پرداخت.

این روزنامه نوشت:

اگر نظریه نقل شده از جناب آقای مصباح یزدی را بپذیریم و اطاعت از رئیس جمهور را همچون اطاعت از خدا واجب بدانیم قبل از هر چیز باید این واقعیت را خود جناب آقای مصباح یزدی بپذیرند که در دوران 8 ساله ریاست جمهوری آقای سیدمحمد خاتمی که حکم ولی فقیه را دریافت کرده بود مرتکب گناهان زیادی شده اند. زیرا ایشان در آن دوران از پیشتازان مخالفت آشکار با رئیس جمهور بودند و نه تنها عدم اطاعت از وی را بلکه حتی ایستادن در مقابل رئیس جمهور وقت را ترویج می کردند و لازم می دانستند و زمینه را نیز برای این امر فراهم می کردند.

جمهوری اسلامی افزود:

در چهار سال گذشته یعنی دوران ریاست جمهوری آقای احمدی نژاد هم نظریه جناب آقای مصباح با همین عارضه مواجه می شود زیرا در آن چهار سال نیز موارد زیادی از اظهارنظرها تصمیم ها عزل و نصب ها و دستورالعمل های رئیس جمهور برخلاف نظر رهبری قانون و حتی خود جناب آقای مصباح بوده بطوری که در پاره ای موارد با صراحت نظر مخالف خود را اعلام کردند. بنا بر نظریه خدامقامی رئیس جمهور که اکنون با صراحت از جناب آقای مصباح یزدی نقل شده ایشان باید بپذیرند که حتی در همین چهار سال گذشته نیز در مواردی از اطاعت خدا سر باز زده اند و مرتکب حرام شده اند.

این روزنامه همچنین با اشاره به دوران اولین رئیس جمهور کشورمان نوشته است:

مهمتر از همه تصویب عدم کفایت خود رئیس جمهور در اولین دوره ریاست جمهوری است . بنی صدر که حکم ولی فقیه زمان خود یعنی امام خمینی رضوان الله تعالی علیه را دریافت کرده بود توسط نمایندگان مجلس شورای اسلامی مشمول عدم کفایت سیاسی شد و خود امام خمینی نیز این نظر مجلس را تایید کردند و بنی صدر از ریاست جمهوری اسلامی ایران خلع شد. اگر قرار بود به نظریه جناب آقای مصباح یزدی عمل شود نمایندگان مجلس حق مخالفت با بنی صدر را نداشتند و اصولا نمی توانستند وارد مبحث عدم کفایت سیاسی او شوند و او همان روند دیکتاتوری را که در پیش گرفته بود ادامه می داد و نظام جمهوری اسلامی قربانی نظریه خدامقامی رئیس جمهور می شد.